Μελέτη επιπέδων αντοχής στα αντιβιοτικά και μοριακής τυποποίησης κλινικών στελεχών Escherichia coli

Χρυσοχόου, Ελένη; Δανάλια, Χρυσάνθη

Study of antibiotic resistance levels and molecular standardization of Escherichia coli clinical strains

Πτυχιακή εργασία

Author

Χρυσοχόου, Ελένη

Δανάλια, Χρυσάνθη

Date

2022-03-03

Advisor

Beloukas, Apostolos

ml_17037 & ml_17085.pdf (1.596Mb)

Keywords

Escherichia coli ; Αντιμικροβιακή αντοχή ; Αντιβιοτικά ; Φυλογενετική τυποποίηση ; Γονίδια αντοχής ; Antimicrobial resistance ; Antibiotics ; Genotyping ; Resistance genes

Abstract

Η εξέλιξη της επιστήμης με την ανακάλυψη των αντιβιοτικών συνέβαλε στην πρόληψη και κυρίως στην θεραπεία βακτηριακών λοιμώξεων. Τα αντιβιοτικά είναι απαραίτητα για τον έλεγχο και τη θεραπεία λοιμώξεων του ανθρώπου. Ωστόσο, η αλόγιστη και μη ορθολογική χρήση τους οδήγησε στην αύξηση και στη διασπορά βακτηρίων ανθεκτικών στα αντιβιοτικά. Ως εκ τούτου, η ευεργετική δράση των αντιβιοτικών απειλείται λόγω αυτής της κατάστασης. Το φαινόμενο της αντιμικροβιακής αντοχής δεν περιορίζεται μόνο στο νοσοκομειακό αλλά και στο ευρύτερο περιβάλλον. Ωστόσο, οι χώροι υγειονομικής περίθαλψης μπορούν να θεωρηθούν ως πηγή ανθεκτικών και πολύ-ανθεκτικών βακτηρίων και για αυτό κρίνεται απαραίτητη η συστηματική επιτήρηση, στοχεύοντας στο έλεγχο και τον περιορισμό του φαινομένου. Το βακτήριο Escherichia coli (E. coli) είναι ένα Gram αρνητικό βακτήριο το οποίο αποτελεί συχνή αιτία ουρολοιμώξεων, βακτηριαιμιών αλλά και γαστρεντερίτιδων, τόσο στο νοσοκομειακό χώρο όσο και στη κοινότητα. Η εμφάνιση και η διασπορά ανθεκτικών στελεχών E. coli στο ενδονοσοκομειακό περιβάλλον έχει προκαλέσει μεγάλη ανησυχία στην επιστημονική κοινότητα. Σκοπός της παρούσας διπλωματικής εργασίας αφορούσε τη μελέτη των επιπέδων αντοχής, την ανίχνευση μηχανισμών που προσδίδουν ανθεκτικότητα καθώς και τη μοριακή φυλογενετική τυποποίηση κλινικών στελεχών E.coli. Συνολικά μελετήθηκαν 139 στελέχη που είχαν συλλεχθεί από το Γενικό Νοσοκομείο Λιβαδειάς. Για τη φυλογενετική ταξινόμηση εφαρμόστηκε η μοριακή μέθοδο του Phylogrouping-triplex PCR. Σύμφωνα με τα αποτελέσματα η πλειοψηφία των στελεχών (75/139 ή 54%) εμφάνισε αντοχή σε τουλάχιστον ένα αντιβιοτικό παράγοντα. Σε 8 στελέχη ανιχνεύτηκαν γονίδια αντοχής της ομάδας CTX-M-group 1 ενώ σε 3 στελέχη ήταν ταυτόχρονα θετικά και για το γονίδιο της ομάδας ΤΕΜ-Α. Σύμφωνα με τη φυλογενετική τυποποίηση τους, τα στελέχη κατατάχθηκαν σε 4 φυλογενετικές ομάδες (A, B1, B2 και D), με την ομάδα Β2 να είναι η επικρατέστερη.

Abstract

The evolution of science combined with the discovery of antibiotics has contributed to the prevention and especially to treatment of infections caused by bacteria. Antibiotics are essentials for the control and treatment of human infections. However, the irrational use of antibiotics has led to the growth and spread of resistant (AMR) bacteria. Therefore, the benefits of antibiotics are threatened due to this condition. The phenomenon of antimicrobial resistance does not exist only in hospitals but it is also spread to the environment. However, healthcare facilities can be considered as a source of resistant and multi-resistant bacteria and that is the reason why this problem has to be under control and redused. Esherichia coli (E.coli) is a Gram-negative bacterium that is a common cause of urinary tract infections, bacteremias and gastroenteritis, both in hospital and community. The emergence and spread of resistant E.coli in hospitals has caused great concern in the scientific community. The purpose of this thesis is to study the antimicrobial resistance of clinical E.coli and as well as their molecular phylogenetic identification. A total of 139 clinical E.coli strains were studied, which had been collected from the General Hospital of Livadia. The molecular method that was applied for phylogenetic identification was Phylogrouping-triplex PCR. According to the results, the majority of the strains (75/139 or 54%) showed resistance to at least one antibiotic. In 8 strains, resistance genes of the CTX-M-group 1 were detected, while in 3 stains they were also positive for the gene of TEM- group1. According to phylogenetic identification, the stains were classified into 4 phylogenetic groups (A, B1, B2 and D), with group B2 being the most prevalent.