Σύγχρονες μέθοδοι ανίχνευσης ιών στα τρόφιμα

Abstract

To θέμα της παρούσας πτυχιακής εργασίας είναι η ανίχνευση των ιών στα τρόφιμα με μοντέρνες μεθόδους. Οι ιοί έχουν γονιδίωμα, DNA ή RNA και επίσης έχουν την ικανότητα να προσαρμόζονται στις συνθήκες συγκεκριμένων βιότοπων, αλλά δεν έχουν την αυτονομία εκείνη που χαρακτηρίζει τους περισσότερους οργανισμούς. Για να αναπαραχθούν, απαιτούν την παρουσία ενός ξενιστή. Το σύστημα ταξινόμηση Baltimore διαχωρίζει τους ιούς ανάλογα με το γονιδίωμα τους σε δίκλωνο ή μονόκλωνο γενετικό υλικό, DNA ή RNA, θετικό ή αρνητικό με το mRNA να καθορίζεται σαν θετικό. Μία από τις βασικές αιτίες τροφογενών λοιμώξεων είναι οι ιοί, όπως οι εντερικοί ιοί, ο νοροϊός, ο ανθρώπινος ροταϊός, ο ιός της ηπατίτιδας Α και ο ιός της ηπατίτιδας Ε. Μεταδίδονται στον άνθρωπο κυρίως μέσω τις κοπρανο-στοματικής οδού και είναι υπεύθυνοι για ένα μεγάλο αριθμό λοιμώξεων και θανάτων ετησίως. Βρίσκονται σε φρέσκα λαχανικά, δίθυρα οστρακοειδή, μαλακά φρούτα, στο νερό, σαλάτες, χοιρινό κρέας κ.λπ. Είναι απαραίτητο να αναπτυχθούν μέθοδοι ανίχνευσης των ιών που να χαρακτηρίζονται από ταχύτητα, ακρίβεια και υψηλή ευαισθησία. Ένα πολύ σημαντικό βήμα στην ανίχνευση των ιών είναι η προετοιμασία του δείγματος ώστε να απομονωθούν οι ιοί από τη μήτρα του δείγματος. Οι κυριότερες διαδικασίες που χρησιμοποιούνται είναι η έκλουση και συγκέντρωση των ιικών σωματιδίων με πολυαιθενυλογλυκόλη (PEG), η προσρόφηση και έκλουση ιών με τη χρήση φορτισμένων μεμβρανών ή φίλτρων, τα ανοσομαγνητικά σφαιρίδια, η υπερδιήθηση και η υπερφυγοκέντρηση. Οι πιο αξιόπιστες μέθοδοι ανίχνευσης και με την ευρύτερη εφαρμογής είναι μοριακές μεθόδοι ανίχνευσης των ιών, όπως η PCR, PCR με αντίστροφη μεταγραφάση (RT-PCR), η PCR σε πραγματικό χρόνο και η RT-PCR. Έχουν επίσης εφαρμοστεί μέθοδοι ανίχνευσης που βασίζονται στους βιοαισθητήρες και τα μοριακά αποτυπωμένα πολυμερή, έχουν χρησιμοποιηθεί τεχνικές ενίσχυσης των νουκλεϊκών οξέων όπως η αλληλουχοεξαρτώμενη ενίσχυση νουκλεϊκού οξέος (Νucleic acid sequence-based amplification – NASBA), NASBA σε πραγματικό χρόνο και η ισοθερμική ενίσχυση μέσω βρόγχου (Loop Mediated Isothermal Amplification – LAMP) ή LAMP με αντίστροφη μεταγραφάση. Μία νέα μέθοδος με καλές προοπτικές και με δυνατότητα ανίχνευσης πολλαπλών ιών είναι ο συνδυασμός πολλαπλής σύνδεσης ολιγονουκλεοτιδίων (MOL) με τεχνολογία PCR και xMAP.