Ταυτοποίηση ως προς το είδος θετικών για Streptococcus spp. βιολογικών δειγμάτων σε ασθενείς με μηνιγγίτιδα, με τη μέθοδο της αλληλούχισης

Abstract

Εισαγωγή. Οι περισσότερες λοιμώξεις από στρεπτόκοκκο στον άνθρωπο οφείλονται στη μετάδοσή του μέσω της άμεσης επαφής με ένα μολυσμένο άτομο και συγκεκριμένα με την έκκριση μολυσμένων σταγονιδίων. Ορισμένοι στρεπτόκοκκοι, που δεν είναι πνευμονιόκοκκοι αλλά ούτε S. pyogenes (GAS) και S. agalactiae (GBS), προκαλούν μηνιγγίτιδα και αναφέρονται στη βιβλιογραφία ως α- αιμολυτικοί στρεπτόκοκκοι, οι οποίοι, αποικίζουν τη στοματική κοιλότητα, όπως για παράδειγμα ο S. mitis. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζουν στρεπτόκοκκοι, όπως ο S. suis, οι οποίοι αποικίζουν τους χοίρους και μεταδίδονται μέσω αυτών αλλά και από την κατανάλωση των παράγωγων προϊόντων χοιρινού κρέατος.

Σκοπός και στόχοι. Σκοπός της παρούσας μελέτης είναι η ανάπτυξη τεχνικής για την ταυτοποίηση ως προς το είδος θετικών για Streptococcus spp. απευθείας σε βιολογικά δείγματα ασθενών με μηνιγγίτιδα/ σηψαιμία, τα οποία δεν έχουν ταυτοποιηθεί ως S. pneumoniae ή ως S. agalactiae (group Β) ή S. pyogenes (group Α). Επιπλέον, η παρούσα εργασία σκοπεύει στη συλλογή πληροφορίας σχετικά με άλλους στρεπτόκοκκους οι οποίοι προκαλούν μηνιγγίτιδα/ σηψαιμία αλλά και στην παρακολούθηση των κρουσμάτων πριν, κατά τη διάρκεια αλλά και μετά την πανδημία της νόσου COVID- 19.

Υλικό και μέθοδος. Αποτέλεσαν δείγματα DNA θετικά για Streptococcus spp. από ασθενείς με μηνιγγίτιδα/ σηψαιμία τα οποία δεν είχαν ταυτοποιηθεί ως S. pneumoniae, S. agalactiae (B) και S. pyogenes (Α). Εφαρμόστηκε η μέθοδος της PCR για την ενίσχυση του γονιδίου tuf απευθείας στα κλινικά δείγματα και αλληλούχιση του προϊόντος. Τέλος, έγινε επεξεργασία των αποτελεσμάτων της αλληλούχισης καθώς και σύγκριση τους με αλληλουχίες αναφοράς με το BLAST. Αποτελέσματα. Χρησιμοποιώντας το γονίδιο tuf για την ταυτοποίηση των στρεπτόκοκκων, βρέθηκε ότι μέχρι στιγμής το μεγαλύτερο ποσοστό στρεπτόκοκκων που έχουν προκαλέσει μηνιγγίτιδα αλλά και σηψαιμία είναι στρεπτόκοκκοι που ανήκουν στην ομάδα των S. mitis. Ειδικότερα, τα αποτελέσματα της αλληλούχισης έδειξαν ότι η πλειονότητα των δειγμάτων σχετίζονταν με τα είδη των S. mitis/ pseudopneumoniae και S. salivarius.

Συμπεράσματα. Το συγκεκριμένο γονίδιο αποτελεί τον κατάλληλο μοριακό δείκτη για τις φυλογενετικές αναλύσεις και την περαιτέρω ταυτοποίηση των στρεπτόκοκκων απευθείας σε κλινικά δείγματα καθώς εμφανίζει ισχυρότερη διακριτική ισχύ συγκριτικά με τα υπόλοιπα γονίδια. Η παρούσα μεθοδολογία αποκάλυψε πληροφορία σχετικά με τα είδη άλλων στρεπτόκοκκων, ιδιαίτερα σε κλινικά δείγματα με αρνητική καλλιέργεια