Απομόνωση και γενετικός χαρακτηρισμός βακτηρίων του γένους Vibrio

Abstract

Η συστηματική μελέτη της θαλάσσιας μικροβιολογίας, ιδιαίτερα υπό το πρίσμα της κλιματικής αλλαγής στις μέρες μας, έχει πολύ υψηλό βαθμός σημαντικότητας. Το γένος Vibrio αφορά ραβδόμορφα, Gram αρνητικά βακτήρια, ενώ απαριθμεί υψηλό αριθμό ειδών, εμφανίζοντας υψηλή γενετική πλαστικότητα και προσαρμοστικότητα σε διαφορετικές κλιματολογικές συνθήκες. Η κλιματική αλλαγή φαίνεται ότι θα επηρεάσει θετικά και σημαντικά τους πληθυσμούς των βακτηρίων Vibrio. Τα είδη του γένους Vibrio εμφανίζουν μικρές γονιδιωματικές διαφορές, με αποτέλεσμα η συστηματική τους μελέτη και οι τεχνολογίες αλληλούχησης νέας γενιάς, να αλλάζουν συχνά την ταξινόμηση πολλών ειδών, ή να δημιουργούνται νέα είδη. Για αυτό το λόγο δεν υπάρχει και ένας ενιαίος τρόπος διάκρισης των ειδών, αλλά χρησιμοποιούνται συνδυαστικά διαφορετικές και πολλαπλές γονιδιωματικές τοπολογίες ανάμεσα στα διαφορετικά είδη. Μέσα σε αυτό το πλαίσιο, στην παρούσα πτυχιακή εργασία συλλέχθηκαν 10 διαφορετικά δείγματα από θαλάσσιες περιοχές του Ελλαδικού χώρου. Χρησιμοποιώντας εκλεκτικό υπόστρωμα, απομονώθηκαν συνολικά 59 αποικίες που πιθανώς ανήκαν στο γένος Vibrio. Από αυτές, φαινοτυπικά επιλέχτηκαν 35 για γενετικό χαρακτηρισμό γένους, όπου φάνηκε ότι οι 30 ανήκουν στο γένος Vibrio με υψηλό βαθμό εμπιστοσύνης. Στη συνέχεια με ειδοεξειδικευμένους εκκινητές υπό πλατφόρμα RT-QPCR ελέγχθηκαν για αν πρόκειται για τα είδη Vibrio alginolyticus, V. anguillarum, V. harveyi, V. parahaemolyticus και V.splendidus, τα οποία αποτελούν σημαντικά παθογόνα ζώων της θάλασσας και δυνητικά παθογόνα σε ανθρώπους. Τα αποτελέσματα έδειξαν ότι πιθανώς σημαντικό ποσοστό από αυτά ανήκουν στο είδος V.alginolyticus και μικρό ποσοστό αυτών πιθανώς ανήκουν στο είδος V.harveyi, ενώ κανένα από αυτά δε φαίνεται να ανήκει στα είδη V.anguillarum και V.parahaemolyticus. Αναφορικά με το είδος V.splendidus, ορισμένα στελέχη φαίνεται ότι υπάρχει πιθανότητα να ανήκουν σε αυτό, όμως δίνουν θετικό αποτέλεσμα και για άλλα συγγενικά είδη. Μελλοντικά θα πραγματοποιηθούν αναλύσεις ολόκληρου του γονιδιώματος των συγκεκριμένων βακτηρίων, δίνοντάς μας υψηλού βαθμού εμπιστοσύνης αποτελέσματα για την ταξινόμησή τους αλλά και πληροφορίες που αφορούν τη λοιμογονικότητά τους ή/και τα γονίδια αντοχής τους σε αντιβιοτικά.