Aπομόνωση στελεχών Escherichia coli από δείγματα νερού ποταμού και λυμάτων και έλεγχος των προφίλ αντοχής τους στα αντιβιοτικά

Abstract

Η αντιμικροβιακή αντοχή αποτελεί παγκόσμια απειλή Δημόσιας Υγείας. Η χρήση των αντιβιοτικών, όχι μόνο στο τομέα της ιατρικής, αλλά και στην κτηνιατρική/ κτηνοτροφία, γεωργία και στις ιχθυοκαλλιέργειες έχει οδηγήσει στην αύξηση της συγκέντρωσης αντιβιοτικών που καταλήγει στο περιβάλλον. Το γεγονός αυτό έχει διαταράξει την ισορροπία μεταξύ ευαίσθητων και ανθεκτικών πληθυσμών, ευνοώντας την αύξηση των τελευταίων. Στα υδάτινα οικοσυστήματα (όπως λίμνες και ποτάμια) συνεχώς απελευθερώνονται ανθεκτικά βακτήρια, κυρίως μέσω του λύματος, τόσο του νοσοκομειακού, όσο και του αστικού. Στα επιβαρυμένα αυτά περιβάλλοντα τα γονίδια αντοχής μπορούν να μεταδοθούν οριζοντίως, από βακτήριο σε βακτήριο, γεγονός που συμβάλλει στην περαιτέρω εξάπλωση των ανθεκτικών βακτηριακών πληθυσμών. Το λύμα αποτελεί σημαντική πηγή ανθεκτικών βακτηρίων, συμπεριλαμβανομένων των ανθεκτικών στις κεφαλοσπορίνες στελεχών Escherichia coli (E. coli). Επομένως, σκοπός της παρούσας διπλωματικής εργασίας ήταν: α) η μελέτη των επιπέδων μικροβιακής αντοχής στελεχών E. coli σε 18 αντιβιοτικά, που χρησιμοποιούνται ευρέως κατά την κλινική πράξη, β) η ανίχνευση γονιδίων αντοχής που σχετίζονταν με τα πρότυπα αντοχής που εμφάνιζαν τα ανθεκτικά στελέχη και γ) η κατάταξή τους σε φυλογενετικές ομάδες, εφαρμόζοντας τη μοριακή μέθοδο του Phylogroupingtriplex pcr. Συγκεκριμένα μελετήθηκαν 131 στελέχη E. coli που είχαν απομονωθεί από δείγματα: α) νοσοκομειακού λύματος που είχε συλλεχθεί από δεξαμενή εξωτερικά του Γενικού Νοσοκομείου της Λιβαδειάς, β) λύματος, που είχε συλλεχθεί από την έξοδο της Εγκατάστασης Επεξεργασίας Λυμάτων (Ε.Ε.Λ) της Λιβαδειάς, γ) νερού από τα ποτάμια Έρκυνα και Βοιωτικού Κηφισού της περιοχής, τα οποία είναι γνωστό πως επηρεάζονται από το λύμα της υπό μελέτης Ε.Ε.Λ. Η πλειοψηφία των στελεχών ήταν ανθεκτικά, με το πρότυπο αντοχής αμπικιλλίνηπιπερακιλλίνη να είναι το πιο συχνό. Σε 11 στελέχη, που παρατηρήθηκαν εκτεταμένες αντοχές, ανιχνεύθηκε το ESBL γονίδιο της οικογένειας CTX-Μ-group1. Τέλος, σύμφωνα με τα αποτελέσματα της μοριακής μεθόδου του Phylogrouping, η ομάδα Α ήταν επικρατέστερη στα στελέχη που απομονώθηκαν από τα ποτάμια και του νοσοκομειακού λύματος, ενώ η D επικράτησε στα στελέχη του λύματος της Ε.Ε.Λ. Τα αποτελέσματα που προέκυψαν από την παρούσα μελέτη επιβεβαιώνουν την ύπαρξη ανθεκτικών βακτηρίων στο περιβάλλον και μαζί με μελλοντικές μελέτες μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τον έλεγχο μικροβιακής αντοχής σε λύματα και υδάτινα οικοσυστήματα.