Μελέτη βακτηριοφάγων με χρήση τεχνολογιών αλληλούχισης επόμενης γενεάς

Abstract

Στη συγκεκριμένη ερευνητική πτυχιακή μελετήθηκε η σχέση μεταξύ της ύπαρξης γονιδιωμάτων βακτηριοφάγων σε ανθεκτικά στελέχη του βακτηρίου P. aeruginosa, και της έκβασης των ασθενών. Κλινικά δείγματα που συλλέχθηκαν από κεντρικό νοσοκομείο στην Τζακάρτα της Ινδονησίας αλληλουχήθηκαν με την μέθοδο NGS και στην συνέχεια πραγματοποιήθηκε αναζήτηση BLAST έναντι της Βάσης Δεδομένων <<Virus Host>> που περιλαμβάνει ολόκληρα γονιδιώματα βακτηριοφάγων. Σε όσα δείγματα ανταποκρίνονταν σε κριτήρια που αφορούσαν το μήκος στοίχισης και την επί της εκατό ομολογία των στοιχισθέντων τμημάτων αναζητήθηκαν οι νουκλεοτιδικές αλληλουχίες τριών πρωτεϊνών που επιβεβαιώνουν την παρουσία προφάγων στα δείγματα. Η στατιστική ανάλυση των τελικών αποτελεσμάτων ανέδειξε την συσχέτιση μεταξύ δύο βακτηριοφάγων και του θανάτου ασθενών.