Μοριακή ταυτοποίηση βακτηριακών στελεχών Pseudomonas aeruginosa απομονωμένων από δείγματα κολυμβητικών δεξαμενών
Molecular identification of Pseudomonas aeruginosa strains isolated from swim tanks samples
Πτυχιακή εργασία
Συγγραφέας
Σιακαμπένης, Δημήτριος
Ημερομηνία
2024-07-18Επιβλέπων
Beloukas, ApostolosΛέξεις-κλειδιά
Κολυμβητικές δεξαμενές ; Μοριακή ταυτοποίηση ; Αντιμικροβιακή αντοχή ; Pseudomonas aeruginosaΠερίληψη
Η κολύμβηση και άλλες δραστηριότητες που λαμβάνουν χώρα σε νερά αναψυχής, όπως οι
κολυμβητικές δεξαμενές, προσφέρουν ψυχική και σωματική υγεία. Ωστόσο, υπάρχουν και αρκετοί
κίνδυνοι. Οι κολυμβητικές δεξαμενές αποτελούν πηγή ποικίλων παθογόνων μικροοργανισμών και σε
ετήσια βάση καταγράφονται αρκετά περιστατικά λοιμώξεων που σχετίζονται με τη χρήση τους. Ένα
από τα βακτήρια που εντοπίζεται συχνά σε αυτά τα περιβάλλοντα και ευθύνεται για πλήθος
λοιμώξεων είναι η Pseudomonas aeruginosa. Σύμφωνα με τον Παγκόσμιο Οργανισμό Υγεία (ΠΟΥ)
η P. aeruginosa προτείνεται ως δείκτης μικροβιολογικής ποιότητας των κολυμβητικών δεξαμενών
ενώ κρίνεται σημαντική η μελέτη των μηχανισμών αντοχής της. Επομένως, σκοπός της παρούσας
πτυχιακής εργασίας ήταν η μοριακή ταυτοποίηση και ο έλεγχος ευαισθησίας σε αντιβιοτικά των
στελεχών P. aeruginosa που ανακτήθηκαν από δείγματα νερού κολυμβητικών δεξαμενών. Δέκα οχτώ
ύποπτα στελέχη P. aeruginosa που είχαν απομονωθεί από δείγματα νερού διαφόρων κολυμβητικών
δεξαμενών και είχαν φυλαχθεί σε κατάλληλες συνθήκες στο αρχείο βιολογικών δειγμάτων του
Εργαστήριου Μοριακής Μικροβιολογίας και Ανοσολογίας του Πανεπιστημίου Δυτικής Αττικής,
υποβλήθηκαν α) σε ταυτοποίηση εφαρμόζοντας τη μοριακή μέθοδο της PCR για την ανίχνευση του
γονίδιου της 16S ριβοσωμικής υπομονάδας και β) σε έλεγχο μικροβιακής ευαισθησίας σε 11 ευρέως
χρησιμοποιούμενα αντιβιοτικά με τη μέθοδο διάχυσης δίσκων αντιβιοτικών σε άγαρ (Kirby Bauer).
Τα αποτελέσματα της 16S PCR έδειξαν πως 15 από τα 18 (83%) στελέχη ανήκαν στο γένος
Pseudomonas εκ των οποίων 9 (9/15, 60%) ανήκαν στο είδος P. aeruginosa. Τα υπόλοιπα τρία
στελέχη αποκλείστηκαν από την μελέτη. Βάσει των επιδημιολογικών ορίων (EUCAST/ECOFF) 11
από τα 15 (73%) στελέχη Pseudomonas spp, συμπεριλαμβανομένων των P. aeruginosa,
χαρακτηρίστηκαν ως ανθεκτικά. Από τα 11 ανθεκτικά στελέχη τα 5 (45%) εμφάνισαν συνδυαστική
αντοχή σε κεφαλοσπορίνες 3ης γενιάς, μονομπακτάμες και καρβαπενέμες. Συμπερασματικά, η
ανίχνευση στελεχών P. aeruginosa στα υπό μελέτη δείγματα νερού κολύμβησης είναι ανησυχητική,
καθώς η παρουσία τους αποτελεί ένδειξη επιμόλυνσης των συγκεκριμένων υδάτων. Παράλληλα, η
εμφάνιση ανθεκτικών στελεχών P. aeruginosa ακόμα και σε καρβαπενέμες, που είναι τα πιο ισχυρά
αντιβιοτικά που διαθέτουμε μέχρι στιγμής, υπογραμμίζει τον κίνδυνο ανάπτυξης ανίατων λοιμώξεων
ειδικά για τους χρήστες κολυμβητικών δεξαμενών που ανήκουν σε ευπαθείς ομάδες.
Περίληψη
Swimming and other water-based activities that take place in swimming pools are fun and healthy
ways to be physically active. However, there are potential risks involved. Swimming pools are a
reservoir of various pathogenic microorganisms and on an annual basis several treated recreational
water swimming-related illness outbreaks were reported. Pseudomonas aeruginosa is a common type
of bacteria that can grow and multiply easily in swimming pools and is responsible for several
infections. According to the World Health Organization (WHO), P. aeruginosa is recommended as an
indicator of the microbiological quality of swimming pools water, while the examination of its
resistance mechanisms is considered very important. The purpose of that thesis was a) to confirm the
identity of suspected P. aeruginosa isolates, which were recovered from swimming pool water
samples, using molecular methods, and b) to assess the antimicrobial resistance patterns of those
isolates. Eighteen suspected P. aeruginosa isolates were collected from water samples of swimming
pools water and analyzed by the Research Lab of the Department of Biomedical Sciences, University
of West Attica. All isolates were subjected to molecular identification targeting the 16S ribosomal
DNA (rDNA) gene and were tested for their antimicrobial susceptibility via by disk diffusion assays
(Kirby-Bauer method) in 11 commonly used antibiotics. The results of 16S PCR showed that 15 of
the 18 (83%) strains belonged to the genus Pseudomonas of which 9 (9/15, 60%) belonged to P.
aeruginosa species, while the remaining three isolates were excluded from that study. According to
ECOFF breakpoints and to other published guidelines (EUCAST/ECOFF) 11 out of 15 (73%) isolates
of Pseudomonas spp, including P. aeruginosa, were characterized as resistant. Of the 11 resistant
isolates, 5 (45%) presented combined resistance to 3rd generation cephalosporins, monobactams and
carbapenems. The findings of this study indicate that P. aeruginosa strains in swimming pools can be
resistant which creates a hazard especially for individuals at high risk for infections.