Υπολογιστική ανάλυση των ιών της οικογένειας Flaviviridae με ξενιστές-μεταφορείς τα κουνούπια, λαμβάνοντας υπόψη τις υπάρχουσες ενδείξεις για νέες ζώνες μετάδοσης εξαιτίας της κλιματικής αλλαγής
A computational analysis for the mosquito-borne Flaviviridae viruses taking into account the evidence of new transmissional zones due to climate change
Λέξεις-κλειδιά
Ιοί ; Flaviviridae ; Orthoflavivirus ; Αρθρόποδα ; Κουνούπια ; Ξενιστές-μεταφορείς ; Κλιματική αλλαγή ; Φυλογενετική ανάλυση ; Φυλογεωγραφία ; Μοτίβα πρωτεϊνικής διατήρησηςΠερίληψη
Οι ιοί της Οικογένειας Flaviviridae είναι μικρά μοριακά πακέτα, διαμέτρου 40-60nm, με γενετικό υλικό ένα γραμμικό μονόκλωνο μόριο RNA θετικής πολικότητας (+ssRNA) προστατευμένο σε εικοσαεδρικό καψίδιο, το οποίο περιβάλλεται από λιποπρωτεϊνικό φάκελο. Μέχρι σήμερα, από το σύνολο των επιδημιολογικών μελετών είναι αποδεδειγμένη η ευρεία προσβολή των σπονδυλωτών, από θηλαστικά και πτηνά, έως θαλάσσιους οργανισμούς και ερπετά, με μικρή, αλλά υπολογίσιμη πιθανότητα πρόκλησης θανατηφόρων επιπλοκών όπως εγκεφαλίτιδα και αιμορραγικό πυρετό.
Το γένος Orthoflavivirus είναι συγκριτικά το μεγαλύτερο της οικογένειας. Παραταύτα, η ειδοποιός διαφορά των στελεχών του είναι η ικανότητα μετάδοσής τους μέσω δήγματος από αρθρόποδα, κυρίως κουνούπια και δευτερευόντως κρότωνες και φλεβοτόμους. Με την συμβολή των συγκεκριμένων εντόμων ως ξενιστών-μεταφορέων(vectors), το ανθρώπινο είδος έχει βρεθεί αντιμέτωπο με ασθένειες και σύνδρομα, όπως τον Δάγκειο Πυρετό, τον Πυρετό του Δυτικού Νείλου, την Ιαπωνική Εγκεφαλίτιδα, τον Κίτρινο Πυρετό, τον Πυρετό της ρηξιγενούς Αφρικανικής Κοιλάδας(Rift-Valley) και την μικροκεφαλία Zika των νεογνών.
Η κλιματική αλλαγή, με την αύξηση της μέσης θερμοκρασίας και την παρεμβολή ακραίων βροχοπτώσεων σε παρατεταμένες περιόδους ξηρασίας, έρχεται να διαταράξει τον αναπαραγωγικό κύκλο και την κατανομή του πληθυσμού των κουνουπιών. Με τα γεγονότα αυτά, το ερευνητικό ενδιαφέρον έχει στραφεί στην εύρεση και καταγραφή των μοριακών ταυτοτήτων-προφίλ των Flaviviridae ιών σε περιοχές με υπάρχουσες ενδείξεις για νέες ζώνες μετάδοσης. Στην παρούσα εργασία, μέσω της αξιοποίησης των δυνατοτήτων σύγχρονων εργαλείων Βιοπληροφορικής, πραγματοποιήθηκε φυλογενετική ανάλυση για την ιϊκή οικογένεια Flaviviridae, με εστίαση στα μεταφερόμενα στελέχη από κουνούπια. Στην συγκεκριμένη ανάλυση, η φυλογεωγραφική διερεύνηση και η εύρεση μοτίβων πρωτεϊνικής διατήρησης αποτελούν δύο επεκτάσεις με στόχο την εξαγωγή χρήσιμων συμπερασμάτων αναφορικά με επίκαιρα ζητήματα Επιδημιολογίας και Φαρμακογονιδιωματικής.
Περίληψη
The Flaviviridae family of viruses is characterized by small, 40-60nm in diameter particles with a linear positive-sensed single-stranded RNA molecule (+ssRNA) as the genetic material, protected by an inner icosahedral capsid and an outer host cell derived lipoprotein envelope. Up to date, the infection to a variety of vertebrate hosts, from mammals and birds to sea life organisms and reptiles, is proved by the epidemiological studies in total, with a small but significant probability of fatal complications to emerge like encephalitis and hemorrhagic fever.
The Orthoflavivirus genera has the majority of viral members in this family. However, the transmission ability through arthropod bites, primarily from mosquitoes and secondarily from ticks and phlebotomuses, is the key difference of Orthoflavivirus strains. Under the aim of these vectors, the human species has been faced with diseases and syndromes, like Dengue Fever, West Nile Fever, Japanese Encephalitis, Yellow Fever, Rift-Valley Fever and Zika microcephaly of the newborns.
The climate change, with the rise of mean temperature and breakage of extreme flooding phenomena in prolonged drought periods, has come to change the reproduction cycle and population distribution of mosquitoes. Under the occurrence of these events, the significant concern has been turned into the development of tracing strategies for Flaviviridae molecular profiles in regions with evidence of new transmission zones. By using modern tools in Bioinformatics, the aim of this study is the Flaviviridae phylogenetic analysis focused on the mosquito-borne strains. Both the phylogeographic view and the conserved protein motifs are extensions with contribution to current issues in Epidemiology and Pharmacogenomics for the subject family.
Αριθμός σελίδων
127Σχολή
Σχολή Επιστημών Υγείας & ΠρόνοιαςΑκαδημαϊκό Τμήμα
Τμήμα Βιοϊατρικών ΕπιστημώνΓλώσσα
ΕλληνικάΣυλλογή
Εκτός από όπου επισημαίνεται κάτι διαφορετικό, το τεκμήριο διανέμεται με την ακόλουθη άδεια:
Αναφορά Δημιουργού - Μη Εμπορική Χρήση - Παρόμοια Διανομή 4.0 Διεθνές
Αναφορά Δημιουργού - Μη Εμπορική Χρήση - Παρόμοια Διανομή 4.0 Διεθνές