Εργαστηριακή διερεύνηση καλλιεργημάτων Shigella spp. από την τράπεζα στελεχών του Εθνικού Κέντρου Αναφοράσ Σαλμονελλών-Σιγκελλών

Αγιασσώτη, Βασιλική-Ταξιαρχούλα

Laboratory study for Shigella spp. isolates, from National Salmonella and Shigella Reference Center

Πτυχιακή εργασία

Author

Αγιασσώτη, Βασιλική-Ταξιαρχούλα

Date

2021-03-04

Advisor

Beloukas, Apostolos

AGIASSOTI VASILIKI-TAXIARCHOULA.pdf (3.489Mb)

Keywords

Shigella spp. ; CTX-M ; ESBL ; AmpC ; Σιγκέλλωση ; Δυσεντέρια ; Επιδημιολογικά δεδομένα ; Ελλάδα ; Εργαστηριακή μελέτη ; Πρόσφυγες ; Μετανάστες

Abstract

Η Βακτηριακή Δυσεντερία ή αλλίως Σιγκέλλωση είναι μια βαριά τροφιμογενής λοίμωξη, διαρροϊκή νόσος, που προκαλείται από αερόβια και δυνητικά αναερόβια gram-αρνητικά βακτήρια του γένους Shigella spp. Τα βακτήρια είναι παθογόνα για τον άνθρωπο και τα πρωτεύοντα. Η μολυσματική δόση είναι πολύ μικρή καθώς η κατάποση μόλις δέκα βιώσιμων βακτηρίων είναι αρκετή για να προκληθεί η λοίμωξη (σιγκέλλωση). Το γένος Shigella περιλαμβάνει τα εξής είδη : S. sonnei, S. flexneri, S.dysenteriae, S.boydii. Η επιτήρηση των κρουσμάτων στην Ελλάδα είναι υποχρεωτική και ελέγχεται από τον Εθνικό Οργανισμό Δημόσιας Υγείας μέσω του Συστήματος Υποχρεωτικής Δήλωσης Νοσημάτων από τα Νοσοκομεία. Η Εργαστηρική Επιτήρηση πραγματοποιείται ύστερα από μελέτη και καταγραφή δειγμάτων που αποστέλλονται από κλινικά εργαστήρια στο Εθνικό Κέντρο Αναφοράς Σαλμονελλών, Σιγκελλών, βερο-τοξινογόνων E.coli, και λοιπών εντεροπαθογόνων (ΕΚΑΣΣ). Την περίοδο Οκτωβρίου-Δεκεμβρίου 2019, από το Γενικό Νοσοκομείο Σάμου συλλέχθηκαν δείγματα Shigella spp., που προέρχονταν από δομή υποδοχής προσφύγων του νησιού και στη συνέχεια στάλθηκαν στο ΕΚΑΣΣ και στον ΕΟΔΥ, για περαιτέρω μελέτη. Πραγματοποιήθηκε οροτυποποίηση των καλλιεργημάτων, έλεγχος αντοχής σε συγκεκριμένα αντιβιοτικά , μελέτη των μηχανισμών αντοχής στα αντιβιοτικά, και τυποποίηση με τη μέθοδο της ηλεκτροφόρησης σε παλλόμενο πεδίο (Pulsed Field Gel Electrophoresis) PFGE, για να διαπιστωθεί αν τα κρούσματα οφείλονται στη διασπορά του ίδιου στελέχους. Ταυτοποιήθηκαν 14 Sh. flexneri 1b,1 Sh. flexneri 2a και 3 Sh. sonnei S (I). Τα Sh. flexneri 1b και Sh. sonnei S (I), βρέθηκαν θετικά στο γονίδιο CTX-M-1, με θετικό το φαινοτυπικό test DDST .Το Sh. flexneri 2a βρέθηκε ότι έχει μηχανισμό αντοχής AmpC. Όσον αφορά στη συρροή κρουσμάτων από Shigella flexneri 1b, φαίνεται ότι τουλάχιστον 3 διαφορετικά στελέχη αυτού του ορότυπου κυκλοφορούσαν στο κέντρο υποδοχής προσφύγων. Αυτό εξηγείται από το γεγονός ότι ο συγκεκριμένος ορότυπος απομονώνεται κυρίως σε χώρες όπου δεν επικρατούν καλές συνθήκες υγιεινής και πιθανά οι πρόσφυγες καθώς μετακινούνται μεταφέρουν τα διαφορετικά στελέχη με τα οποία έχουν μολυνθεί (είτε στις χώρες τους είτε στις ενδιάμεσες χώρες). Δόθηκε θεραπεία με βάση τα εργαστηριακά αποτελέσματα και έγιναν συστάσεις για καλύτερες συνθήκες υγιεινής και ενίσχυση εργαστηριακής μελέτης. Η παρούσα μελέτη αναδεικνύει την ανάγκη της εργαστηριακής επιτήρησης των σιγκελλώσεων. Ο προσδιορισμός συγκεκριμένων στελεχών Shigella spp, ο πολυανθεκτικός φαινότυπος, η ικανότητα διασποράς μηχανισμών αντοχής σε κρίσιμα αντιβιοτικά κ.λ.π. αποτελούν στοιχεία όπου οδηγούν σε κρίσιμες παρεμβάσεις από τις υγειονομικές αρχές προκειμένου να ανακοπεί η μετάδοση της σιγκέλλας στον πληθυσμό. Λέξεις-κλειδιά: Shigella spp., σιγκέλλωση, δυσεντέρια, επιδημιολογικά δεδομένα, πρόσφυγες, μετανάστες, Ελλάδα, εργαστηριακή μελέτη, CTX-M, AmpC, ESBL, β-λακταμάσες

Abstract

Bacterial dysentery or Shigellosis is a severe foodborne infection, causing diarrheal disease, caused by aerobic and potentially anaerobic gram-negative bacteria of Shigella spp. The bacteria are pathogenic to humans and primates. The infectious dose is very low, only ten bacteria can cause the disease. The pathogenic species of Shigella are S. sonnei, S. flexneri, S.dysenteriae, S.boydii. The surveillance of shigellosis in Greece is performed through the Cumpulsory Disease Reporting System through National Organization of Public Health. The laboratory surveillance is performed by the National Reference Center of Salmonella, Shigella, vero-toxinogenic E. coli and others enteropathogens. The General Hospital of Samos, sent isolates of Shigella spp. to National Organization of Public Health and National Reference Center of Salmonella, Shigella, vero-toxinogenic E. coli and others enteropathogens for further study, for period October-December 2019. The samples were isolated from refugees in the refugee reception center of the island. Typing of the isolates was performed (Serotyping, test for resistance to certain antibiotics , detection of antibiotic resistance mechanism, and molecular typing) in order to determing whether the isolates belong to a common strain. 14 Sh. flexneri 1b,1 Sh. flexneri 2a and 3 Sh. sonnei S (I) were identified. Sh. flexneri 1b and Sh. sonnei S (I) have CTX-M-1 resistance mechanism. Three different Sh. flexneri 1b strains seemed to circulate within the refugees population. This result is explained by the fact that this serotype is isolated only in places without hygiene conditions. Also, the refugees, It is possible that refugees could transfer the disease from one country they visit to another. Treatment was given on refugees, based on laboratory results. Recommendations were given for better hygiene conditions in the reception centre. The present study highlights the necessity for laboratory surveillance of shigellosis. The identification of specific strains of Shigella spp., the multi-resistant phenotypes, the ability of spreading resistance mechanisms for important antibiotics etc., constitute evidence for intervention from the healthcare system, in order to restrain the spread of shigellosis.