Ανίχνευση-ταυτοποίηση γονιδίων αντοχής Klebsiella pneumoniae σε τρόφιμα ζωϊκής προέλευσης με μεθόδους μοριακής βιολογίας

Abstract

Η εμφάνιση ανθεκτικών στα αντιμικροβιακά στελεχών, όπως το Klebsiella pneumoniae στην στον κλάδο των τροφίμων είναι ανησυχητική. Ο στόχος αυτής της μελέτης ήταν να προσδιοριστεί η συχνότητα εμφάνισης του Klebsiella pneumoniae σε δείγματα τροφίμων. Το ποσοστό μόλυνσης στα τρόφιμα και τα χαρακτηριστικά των απομονώσεων Klebsiella pneumoniae ήταν το επίκεντρο της έρευνάς μας. Βρήκαμε και αξιολογήσαμε τα γονίδια αντοχής τους, που προσφέρουν ανθεκτικότητα. Το ZIBIO Nucleic Acids Isolation Kit (Μέθοδος Magnetic Beads) και ένας αυτόματος εξτράκτορας Zymbio EXM 3000, χρησιμοποιήθηκαν για την εκχύλιση νουκλεϊκών οξέων από απομονωμένες αποικίες. Τα δείγματα DNA χωρίστηκαν σε πέντε τμήματα για την ταυτοποίηση των γονιδίων E. coli, των γονιδίων mrkA, ecpA και fimH και των γονιδίων αντίστασης σε δείγματα κρέατος Klebsiella pneumoniae (χοιρινό, βοοειδή και κοτόπουλο). Τα δείγματα περιλάμβαναν 20 (50%) δείγματα βοείου κρέατος , 10 (25%) δείγματα κρέατος από χοιρινό και 10 (25%) δείγματα από κοτόπουλο. Τα ευρήματά μας παρουσίασαν υψηλή συχνότητα εμφάνισης Klebsiella pneumoniae (82,5%), ενώ τα στελέχη E.coli βρέθηκαν σε χαμηλότερο ποσοστό (17,5%). Επιπλέον, τα γονίδια fimH-1 και mrkA, τα οποία κωδικοποιούν προσκολλητίνες fimbrial τύπου 1 και τύπου 3, βρέθηκαν σε 6 (18,2%) και 24 (72,8%) από τις απομονώσεις, αντίστοιχα. Στην περίπτωση της τροφιμογενούς Klebsiella pneumoniae, ανακαλύφθηκε τουλάχιστον ένα γονίδιο αντίστασης σε ποσοστό 62,5% των απομονώσεων. Το γονίδιο blaNDM, το οποίο είχε γονοτυπική συχνότητα 51,5% (17/33), ακολουθούμενο από το blaOXA-48, το οποίο είχε γονοτυπική συχνότητα 27,3 % (9/33), το blaIMP, το οποίο είχε γονοτυπική συχνότητα 6,1 % (2/33), το blaVIM, που είχε γονοτυπική συχνότητα 6,1 %(2/33) και το blaKPC, που είχε την ίδια γονοτυπική συχνότητα.