Ανίχνευση γονιδίων αντοχής και ιογένεσης του Klebsiella pneumoniae σε κρεατοσκευάσματα με μοριακές τεχνικές

Λαουτάρη, Νικολιάννα; Πάλλας, Αντώνιος

Identification of resistance and virulence genes of Klebsiella pneumoniae in meat products by molecular techniques

Πτυχιακή εργασία

Author

Λαουτάρη, Νικολιάννα

Πάλλας, Αντώνιος

Date

2023-02-15

Advisor

HOUHOULA, DIMITRA

Πτυχιακή εργασία (2.953Mb)

Keywords

Klebsiella pneumoniae ; Αντιμικροβιακή αντοχή ; Ιογένεση ; Τρόφιμα

Abstract

Σε αυτή τη μελέτη έγινε ανίχνευση των λοιμογόνων γονιδίων MrkA, EcpA και FimH αλλά και των γονιδίων αντίστασης στις καρβαπενέμες, BlaIMP-1 και BlaOXA-48 του μικροοργανισμού Klebsiella pneumoniae. Για τον σκοπό αυτό έγινε απομόνωση DNA από 17 ελληνικά δείγματα κρέατος από τοπικές αγορές. Το πείραμα περιλάμβανε 9 δείγματα κρεάτων (53%) από βοοειδή, 4 (23%) από χοιρινό, 3 (18%) από κοτόπουλο και 1 (6%) από αρνί. Οι επιθυμητές περιοχές των γονιδίων ενισχύθηκαν με PCR και το προϊόν που προέκυψε υποβλήθηκε στη διαδικασία της ηλεκτροφόρησης. Τα αποτελέσματα της έρευνας που διεξήχθηκε υποδεικνύουν υψηλή συχνότητα εμφάνισης Klebsiella pneumoniae (58,8%). Πιο συγκεκριμένα, τα γονίδια FimH και MrkA, τα οποία κωδικοποιούν τις φιμπρίες συγκολλητίνες τύπου 1 και τύπου 3, ήταν παρόντα σε 8 (47,1%) και 3 (17,6%) απομονώσεις αντίστοιχα. Επιπλέον, στο 29,4% των απομονώσεων ανακαλύφθηκε τουλάχιστον ένα γονίδιο αντίστασης. Αναλυτικότερα, το BlaOXA-48 ήταν το επικρατέστερο γονίδιο που εντοπίστηκε σε 4 από τις 17 (23,5%) απομονώσεις, ακολουθούμενο από το BlaIMP-1 με γονοτυπική συχνότητα 5,9% (σε 1 από τα 17 δείγματα).

Abstract

In this study, the virulence genes MrkA, EcpA and FimH as well as the carbapenem resistance genes BlaIMP-1 and BlaOXA-48 of Klebsiella pneumoniae were detected. For this purpose, DNA isolation was performed from 17 Greek meat samples from local markets. This experiment included 9 meat samples (53%) from cattle, 4 (24%) from pork, 3 (18%) from chicken and 1 (6%) from lamb. The desired gene regions were amplified by PCR and the resulting product was subjected to the electrophoresis procedure. The results of the survey conducted indicated a high prevalence of Klebsiella pneumoniae (58.8%). More specifically, the FimH and MrkA genes, which encode type 1 and type 3 fibrillar adhesins, were present in 8 (47.1%) and 3 (17.6%) isolates, respectively. In addition, at least one resistance gene was discovered in 29.4% of isolates. More specifically, BlaOXA-48 was the most predominant gene detected in 4 out of 17 (23.5%) isolates, followed by BlaIMP-1 with a genotypic frequency of 5,9% (1 out of 17 samples).